Face à la dégradation des écosystèmes marins les aires marines protégées offrent des solutions capables de concilier protection des espèces, restauration des équilibres naturels et activités humaines durables.
La FPA2 s’engage à les développer, à travers notamment un mécanisme innovant : le Medfund. En 2010, la Conférence sur la diversité biologique adoptait les objectifs d’Aïchi, parmi lesquels celui de parvenir en 2020 à une proportion de 10% des surfaces marines du monde placées sous statut protégé.